自然哲学至少曾经历了三次死亡宣判：第一次是现代科学的诞生标志着自然哲学已经无疾而终，牛顿将自己的科学成就概括为“自然哲学的数学原理”（Philosophiae Naturalis Principia Mathematica ），有人凭此认为牛顿是最成功的自然哲学家，其实牛顿的本意是用自然科学特别是数学来冒名取代自然哲学，他的真实意图就是警告当时的科学家“当心形而上学”，E.格兰特就认为自然哲学终止于19世纪（Edward Grant，2007）。第二次是逻辑经验主义从“语言转向”推出“拒斥形而上学”的断言：“现代逻辑的发展，已经使我们有可能对形而上学的有效性和合理性问题提出新的、更明确的回答……在形而上学领域里，包括全部价值哲学和规范理论，逻辑分析得出反面结论：这个领域里的全部断言全都是无意义的。”[2]第三次是后现代思潮中的“后哲学文化”：随着“自然之镜”的破碎，哲学已死，自然哲学当然将不复存在。
一个思想事件被一次宣布死亡可能是真实的，但如果两次或多次被宣布死亡肯定值得怀疑。就在牛顿宣判自然哲学死刑之后不到百年的时间里，自然哲学进入了思想的黄金时代：仅就德国而论，莱布尼兹在1714年发表了《单子论》（Monadologie ），康德在1755年发表了《普通自然史及天体理论》（Allgemeine Naturgeschichte und Theorie des Himmels ），费希特在1794年发表了《全部知识的基础》（Grundlage der gesamten Wissenschaftslehre），1804年发表了《认知的科学》（The Science of Knowing），谢林在1797年发表了《自然哲学的理念》（Ideen zu einer Philosophie der Natur ）以及黑格尔在1816年发表了《自然哲学》（Naturphilosophie ），等等。也就是说，牛顿企图用“数学原理”来取代“自然哲学”的思想诉求反而刺激了自然哲学的全面发展。[3]