就在张居正通过改革，让明朝的朝廷重新振作起来、让明朝的国库重新鼓胀起来的时候，内部和外部的问题又发生了，而且都是发生在张居正去世的十年之后，发生在“后张居正时代”。
内部的问题是：万历二十年初，一位名叫巴拜的蒙古族将领，在副总兵的职务上退休之后，又毛遂自荐，要求为国立功。注意，他的这个“国”是明朝而不是蒙古。但是，小心眼的宁夏巡抚看不惯他的举动，处处为难他、给他小鞋穿。加上其他各种原因，巴拜愤怒了，和子弟们一道，发动兵变，杀了巡抚，联络河套地区的“套虏”，由此兵连祸结。明廷调集了辽东、蓟州、宣府、大同、延绥等五镇的兵力，历时八个月，将其平定。这场动乱，被称为“宁夏之乱”。也就在同一时期，以播州即今贵州遵义一带的土司杨应龙为代表的少数民族上层人物，因为与明朝当地官府发生严重冲突，战争连年不断，缅甸、安南也在此时挑衅。明朝用了近二十年的时间，剿抚并用，方告平息。这场动乱，被称为“播州之乱”。
需要指出的是，不管巴拜、杨应龙有多少不是，明朝宁夏、播州地区的官员都难辞其咎。中国历代明智的统治者，都把“治吏”作为治国的第一要务，因为吏治一腐败，兴一利而出百弊。而且，各种阶级矛盾、民族矛盾的激化，都直接与“吏治”相关。