但是这样一来，国务院的大权几乎都集中在了徐树铮一个人的手里，不仅孙洪伊对此不满，其他阁员也非常不满。不久，在任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞霖案的时候，徐树铮又只是得到段祺瑞的同意，在没有经过阁议，也没有主管内务总长副署的情况下擅自做主，以国务院的名义咨复国会。孙洪伊随即在阁议席叱问徐树铮与段祺瑞，并于8月30日辞去内务总长的职务。段祺瑞派许世英挽留孙洪伊，同时对内阁办事程序进行了调整。
（三）
10月1日，黎元洪在总统府召见孙洪伊，在这次交谈中，黎元洪和丁世峄拉近了孙洪伊与总统府之间的距离。没有多久，祝书元等二十八人到平政院提出控诉，原因是孙洪伊当初在裁汰内务部员司时，对他们的裁汰不符合文官任免休职条件，平政院决定受理祝书元等人的控诉，并要求孙洪伊五天内给出答复。孙洪伊则认为平政院是当初袁世凯设立的，平政院的存在本身就和旧《约法》的规定不符，所以对平政院的要求置之不理，10月7日，平政院裁定内务部非法，取消内务部做出的一切任免令，并且向大总统呈请执行。孙洪伊站出来怒斥平政院是非法机构，和平政院发生了激烈争执。